СМУ решает вопросы научно-образовательной, организационной и общественной деятельности. Работа СМУ проходит при поддержке администрации Центра. Ежегодно председатель делает доклад о работе СМУ на отчетно-плановой сессии перед всеми сотрудниками
Совет молодых ученых (СМУ) ФГБНУ ФНЦБЗР создан в 2009 году. С момента образования председателями Совета являлись Игорь Александрович Костенко (2009-2010), Оксана Юрьевна Кремнева (2011-2015), Наталья Сергеевна Томашевич (2015-2022) и Ярослав Сергеевич Ермаков (2022-по настоящее время).
С 2015 года действует управляющий состав СМУ, в который входит представитель молодежи от каждого подразделения, и оперативно решает срочные вопросы на текущий момент.
С момента создания СМУ молодые ученые являлись инициаторами и организаторами различных мероприятий для сотрудников Центра и коллег из других организаций. Это и курсы английского языка, и научно-образовательная конференция «Инновационные технологии в АПК» (в 2015 г.), и экскурсии по научным подразделениям, и работа со школьниками в рамках различных мероприятий, в т.ч. в рамках ежегодного Всероссийского Фестиваля Науки «Nauka 0+», и проект 2021 года – «Научная сессия: Мое направление в лаборатории» и другие. В 2021 году гости и сотрудники ФГБНУ ФНЦБЗР впервые смогли посмотреть и обсудить с экспертами научно-популярные фильмы из подборки, сделанной к Дням научного кино «ФАНК».
Молодые ученые ФГБНУ ФНЦБЗР ежегодно становятся участниками Всероссийских и международных конференций, получателями именных стипендий, победителями и призёрами различных конкурсов. За последние годы молодые ученые становились участниками и руководителями проектов РФФИ, «УМНИК», РНФ, Кубанского научного фонда, грантов Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых учёных – кандидатов наук.
СМУ ФГБНУ ФНЦБЗР работает в плотной кооперации с Молодежным научно-техническим советом при Министерстве образования, науки и молодежной политики Краснодарского края и с Координационным советом по делам молодежи в научной и образовательной сферах Совета при Президенте Российской Федерации по науке и образованию и приглашает к сотрудничеству СМУ других научно-исследовательских организаций и университетов России и зарубежья.